Mucoasa vaginală este colonizată de aproximativ 15 specii de bacterii, altele decât cele care constituie microflora lor normală, bacterii saprofite (care trăiesc în comuniune cu organismul uman și nu determină patologii). Acestea includ corinebacterii, stafilococi, streptococi, Escherichia coli și bacterii lactice-acide sau lactobacili, cunoscute anterior ca bacilii Döderlein, dar și Candida Albicans (Garnerella Vaginalis). Această diversitate de microorganisme formează un ecosistem dinamic al cărui funcție este vitală pentru conservarea corespunzătoare a mediului. Există mulți factori care pot modifica echilibrul vaginal, printre care:

• pH-ul vaginal crescut care favorizează răspândirea infecției;
• modificări în concentrațiile plasmatice ale glucozei (pe durata sarcinii sau în caz de diabet zaharat);
• utilizarea de antibiotice cu spectru larg;
• alergii la anumite substanțe, precum latex sau spermicide (lubrifianți);
• modificări ale nivelului de estrogen (menopauză, HRT, utilizarea contraceptivelor).

În ecosistemul vaginal, lactobacilii sunt cea mai importantă familie, atât prin numărul lor, cât și prin activitatea acestora. Cele mai predominante specii de lactobacilli la nivel vaginal sunt: L. Acidophilus, L. Fermentum, L. Plantarum, L. Brevis, L. Jensenii, L. Casei, L. Crispatus si L. Gasseri.

Prezența lactobacililor în flora vaginală dezvoltă funcții esentiale pentru menținerea echilibrului și prevenirea infecțiilor microbiene sau fungice, prin: re-echilibrarea microflorei vaginale umane și păstrarea constantă a numărului de bacterii saprofite și protejarea împotriva aderării și multiplicării excesive a agenților patogeni.